Para isso, habilite em seu /etc/apt/sources.list (é aqui que o Linux sabe que aplicativos buscar no repositório) as linhas referentes aos repositórios main, universe e multiverse. Eis um exemplo de um arquivo sources.list padrão que pode ser utilizado:

$ sudo gedit /etc/apt/sources.list
# Gutsy
deb http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ gutsy main
restricted universe multiverse
deb-src http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ gutsy
main restricted universe multiverse
# Gutsy-Updates
deb http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ gutsy-updates
main restricted universe multiverse
deb-src http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ gutsyupdates
main restricted universe multiverse
# Gutsy-Security
deb http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ gutsy-security
main restricted universe multiverse
deb-src http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ gutsysecurity
main restricted universe multiverse

Salve e saia do editor.

Atualize a lista de pacotes do sistema e instale os respectivos do flash e java:

$ sudo aptitude update
$ sudo aptitude install fl ashplugin-nonfree
$ sudo aptitude install sun-java6-plugin

Obs.: Os símbolos $ e # não devem ser digitados. São apenas representações do shell para o usuário comum e root, respectivamente.

Para fazer o mesmo no ambiente gráfico, é necessário carregar o gerenciador de pacotes Synaptic (imagem acima). No menu do Gnome, selecione Sistema, Administração, Gerenciador de Pacotes Synaptic.