Para "clonar" um HD, pode-se utilizar apenas um comando do Linux. Basta dar boot por CD (live CD) e, após identificar o HD de origem e destino, entrar com o seguinte comando: dd if=/dev/hda of=/dev/hdb
Onde o "if" indica o HD de origem e o "of" o de destino, sendo que podem variar para /dev/sda, por exemplo. Depende do tipo de HD.
Pode-se, também, clonar apenas uma partição: dd if=/dev/hda1 of=/dev/sda1
OBS: O HD de destino deve ter a mesma capacidade de armazenamento, ou mais.