Gosta de colecionar Favoritos? Eu também e é por isso que utilizo o AM-Dealink. Este utilitário faz verificações nos bookmarks salvos no navegdor para verificar se ainda estão funcionando e ainda verifica se há links em duplicidade.
Para acabar com os duplicados, basta selecionar a função "Sort bookmarks with erros to top of list", selecioná-los e apagar.
O AM-DeadLink é compatível com o Internet Explorer (versões 6 e 7) e com o Mozilla e deve funcionar em breve com o Firefox e com o Opera.